Le SCRN se compose des départements « Production » (construction), « Administration » et « Direction ». Près de 2/3 des collaborateurs travaillent au « Production ». L’unité « Construction » est subdivisée en trois sections qui se charge d’un tronçon. Chaque tronçon est affecté à un chef de projet. Chaque équipe de projet est constituée du responsable de la direction générale des travaux, du responsable de la direction locale des travaux et d’une secrétaire. En collaboration avec les mandataires (bureaux d’ingénieurs, planificateur de projets, Suivi environnemental de la phase réalisation, etc.) et des entreprises, chacune d’entre elles gère les projets de construction complexes de l’A9. En outre, les unités Equipements d’exploitation et de sécurité (EES) et Environnement font partie intégrante du « Production ». Les spécialistes de ces deux unités apportent leur soutien à l’organisation du projet pour toutes les questions concernant ces thèmes spéciaux importants.

En tant que service central, l'Administration se trouve à Gamsen. Ses fonctions principales sont les suivantes : finances et controlling, secrétariat, administration des soumissions, informatique, technologie des matériaux, acquisition de terrains, archivage, gestion de la qualité, protection de la santé et soutien apporté au personnel pour d’autres projets.

En sa qualité de spécialiste externe, le SCRN peut faire appel au Service administratif et juridique du Département de la mobilité, du territoire et de l'environnement (SAJDMTE) pour les questions juridiques et au Service de l’environnement (SEN) du canton du Valais pour les questions environnementales.