Sont dignes de protection entre autres toutes les forêts, les haies, les zones humides et tous les milieux secs. Il va sans dire que la construction d’une autoroute empiète forcément sur le paysage. En observant par exemple les deux photos ci-dessous (région de Tourtemagne), l’on remarque les haies, les surfaces boisées et les roselières entourées en rouge avant la construction de l’autoroute en 1999 et pendant les travaux en 2014.

Les surfaces perdues doivent être compensées au moyen de mesures. Au moins une partie des mesures de compensation devraient, si possible, être concrétisées au début des travaux de construction de sorte que les espèces animales et végétales rares puissent être installées dans leur nouveau milieu.

Exemple : l’« Inule d’Angleterre » (fleur jaune sur la photo ci-dessous) : cette plante était autrefois largement répandue dans les grandes vallées suisses. Toutefois, l’intensification de l’agriculture l’a quasiment fait disparaître. Les mesures de compensation de l’A9 lui ont permis de trouver un milieu où pousser à son aise.