Grundsätzlich ist die DNSB in die Bereiche "Produktion" (Bau), "Verwaltung" und "Leitung" unterteilt. Etwa 2/3 der Mitarbeitenden arbeiten in der "Produktion". Der Baubereich ist in 3 Teilstrecken unterteilt; diese werden jeweils durch einen Projektleiter geführt. Ein Projektteam einer Teilstrecke besteht aus dem Oberbauleiter und dem örtlichen Bauleiter und wird unterstützt von einer Sekretärin. Das Projektteam führt vor Ort zusammen mit den beteiligten Mandatsnehmern (Ingenieurbüros, Projektplaner, Umweltbaubegleitung, ...) und Unternehmungen die komplexen Bauprojekte der A9. Im Weiteren sind der "Produktion" die Bereiche Betriebs- und Sicherheitsausrüstung (BSA) und Umwelt angegliedert. Die Fachpersonen dieser beiden Bereiche unterstützen die Projektorganisation in den jeweiligen wichtigen Spezialthemen.

Die „Verwaltung“ (Administration) ist als zentraler Dienst in Gamsen angesiedelt. Die wesentlichen Funktionen der Verwaltung sind: Finanzen & Controlling, Sekretariat, Bauadministration, Informatik, Materialtechnologie, Landerwerb, Archivierung, Qualitätsmanagement, Gesundheitsschutz und personelle Unterstützung bei weiteren Projekten. 

Als externe Spezialisten kann die DNSB in Rechtsfragen auf die Dienste des Verwaltungs- und Rechtsdienstes des Departements (VRDMRU) sowie in Fragen betreffend Umwelt auf die Dienststelle für Umwelt des Kantons Wallis (DUW) zurückgreifen.